O jogo tem como personagens principais dois membros da ordem Shaolin, Liu Kang e Kung Lao, e retrata a luta da dupla contra os planos de Shang Tsung de dominar a Terra. O jogo apresenta três modos principais de jogo. Além de um modo para um jogador, Shaolin Monks traz um modo cooperativo, em que dois jogadores podem trabalhar juntos durante o jogo e acessar áreas proibidas ao modo de um jogador. Existe também um modo para que dois jogadores se enfrentem nas arenas mostradas durante o jogo. Além disso, os jogadores podem experimentar uma versão emulada de Mortal Kombat II.
